La institución jurídica del fuero penal militar ha sido cuestionada constantemente, por considerar que se ha prestado para abusos y ha servido como fuente de impunidad de graves violaciones a los derechos humanos. Ante el desprestigio de la justicia militar, tradicionalmente se contó con un fuero restringido, el cual sufrió una reforma que ha motivado críticas desde todos los sectores, cuya consecuencia fue establecer nuevos órganos en la Jurisdicción Castrense, con funciones que traslapan sus competencias entre sí para definir los conflictos de jurisdicción entre la justicia ordinaria y la Justicia Penal Militar, dejando una estela de dudas en relación con la coherencia con que se da tratamiento a la referida temática. Por eso la presente investigación busca esclarecer si el fuero penal militar es una garantía funcional, como constitucional y legalmente se encuentra establecido, o si por el contrario en la práctica se ha desnaturalizado por el actuar de la Fuerza Pública y es más bien una condición de impunidad.